জানা যায়, মকবুল আহমাদের বিষয়ে বিভিন্ন গণমাধ্যমে প্রতিবেদক প্রকাশের পর অনুসন্ধানে নামে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের তদন্ত সংস্থা। তদন্ত সংস্থার সমন্বয়ক আবদুল হান্নান খান বলেন, একটি অনলাইন পত্রিকার খবরের ভিত্তিতে আমরা তদন্ত শুরু করেছি। তার বিরুদ্ধে ৭ থেকে ১১ জনকে হত্যার অভিযোগ পেয়েছি। এ অভিযোগ প্রমাণ হলেই মামলা করা হবে বলেও জানান তিনি।
১৯৭১ সালের মুক্তিযুদ্ধকালীন মানবতাবিরোধী অপরাধে জাড়িত থাকার অপরাধে দায়ে মকবুলের আগে দলটির আমির মতিউর রহমান নিজামী, সেক্রেটারি জেনারেল আলী আহসান মোহাম্মাদ মুজাহিদ, সহকারী সেক্রেটারি জেনারেল মুহাম্মাদ কামারুজ্জামান, আবদুল কাদের মোল্লা, কেন্দ্রীয় নির্বাহী কমিটির সদস্য মীর কাসেম আলীর ফাঁসি কার্যকর হয়েছে। আরও ২ নেতা আবদুস সুবহান ও এ টি এম আজহারুল ইসলামেরও ফাঁসির রায় হয়েছে ট্রাইব্যুনালে। আরেক নেতা দেলাওয়ার হোসাইন সাঈদী আমৃত্যু কারাদ- ভোগ করছেন।
দলের শীর্ষ নেতৃত্বের প্রায় সবাই মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় গ্রেপ্তারের পর মকবুল আহমাদকে ভারপ্রাপ্ত আমিরের দায়িত্ব দেয় জামায়াত। আর গত ১৭ অক্টোবর তাকে আমির নির্বাচনের কথা গণমাধ্যমকে জানায় তারা। জামায়াতের এর আগের সব নেতাই ছিলেন চিহ্নিত স্বাধীনতাবিরোধী। তাদের বিরুদ্ধে একাত্তরে পাকিস্তানি সেনাবাহিনীকে সহযোগিতার তথ্য প্রমাণ ছিল আগে থেকেই। কিন্তু মকবুলের বিরুদ্ধে এমন জোরালো কোনো অভিযোগ আসেনি গণমাধ্যমে।
মকবুলকে জামায়াত আমির হিসেবে বেঝে নেয়ার পর আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইুব্যনালের তদন্ত সংস্থা জানায়, এই নেতার বিরুদ্ধে কোনো অভিযোগ আসেনি তার কাছে। তবে মকবুল জামায়াতের আমির হওয়ার পর তার নিজ এলাকা ফেনীর মুক্তিযোদ্ধারা তার একাত্তরের ভূমিকা সামনে নিয়ে আসেন। তারা জানান, জামায়াতের সেই সময়ের ছাত্র সংগঠন ইসলামী ছাত্র সংঘের নেতা হিসেবে অন্যান্য অনেকের মতো মকবুলও পাকিস্তান সেনাবাহিনীকে সক্রিয়ভাবে সহযোগিতা করছেন। তার বিরুদ্ধে হত্যা, অগ্নিসংযোগ ও লুটপাটের অভিযোগ করেন তারা।
